Jörg Berger coachte die Adlerträger zweimal. Sein erstes Engagement dauerte vom 02. Januar 1989 bis 13. April 1991. Danach führte ihn seine Trainerkarriere noch einmal an den Main, und zwar vom 19. April bis zum 19. Dezember 1999.
1989 rettete er die Eintracht vor dem Abstieg in die Zweitklassigkeit. In zwei Relegationsspielen gegen den 1.FC Saarbrücken konnte die Bundesliga gehalten werden. In der darauffolgenden Saison startete die Eintracht unter Berger zum Höhenflug: vom Abstiegskandidaten wurde die Mannschaft zeitweise zum Meisterschaftsanwärter! „Mit Hessen zurück an die Spitze“ war das Motto, denn Profis wie Ralf Falkenmayer, Uwe Bein und viele andere kamen aus der Region.
1999 vollbrachte Jörg Berger dann das legendäre „Wunder von Frankfurt“, als er die Eintracht, die in der Tabelle schon abgeschlagen schien, mit vier Siegen in Folgen vor dem Abstieg rettete. Unvergessen dabei natürlich das sagenumwobene 5:1 gegen den 1.FC Kaiserslautern am letzten Spieltag.
„Jörg Berger war ein unglaublich toller Motivator, der seine Spieler immer mit sehr viel Menschlichkeit behandelt hat und sich gut in sie hineinversetzten konnte. Er hat uns zweimal vor dem Abstieg gerettet und nicht nur deshalb bewiesen, welch’ großer Trainer er gewesen ist. Ich bin tief betroffen“, so Karl-Heinz Körbel, Bundesliga-Rekordspieler unserer Eintracht.